โปรแกรมสแกนไวรัส หรือ โปรแกรมแอนตี้ไวรัส ที่ใช้สำหรับป้องกันไวรัส ประเภท สปายแวร์ (Spyware) และ มัลแวร์ (Malware) กับโปรแกรม Malwarebytes Anti-Malware เมื่อทำการติดตั้งโปรแกรม Malwarebytes Anti-Malware นี้ขึ้น โปรแกรมจะทำการแสกนเครื่องคอมพิวเตอร์ทันที โดยทำการแสกนเครื่องของเราเพื่อตรวจสอบว่ามีโปรแกรมใดบ้างที่เป็น Spyware/Malware ซึ่งจะถูกติดตั้งในเครื่องเราโดยที่ไม่รู้ตัว ซึ่งการทำงานของโปรแกรมนั้นจะมีด้วยกันอยู่ 3 โหมด คือการตรวจหาภัยคุกคามแบบอัตโนมัติ (Threat Scan) การสแกนแบบปรับแต่งตามความต้องการ (Custom Scan) และ การสแกนแบบละเอียดลึกสุดๆ ทุกกระเบียดนิ้ว (Hyper Scan) ก็สามารถทำได้ตามความต้องการ
สำหรับในโหมด Threat Scan จะทำการค้นหาไฟล์มัลแวร์ที่ซ่อนตัวอยู่และทำการกำจัดไฟล์เหล่านั้นทิ้งไปโดยอัตโนมัติ ในส่วนของการทำงานในโหมด Custom Scan จะทำหารค้นหาไฟล์ตามเงื่อนไขที่เราได้กำหนดและทำการกำจัดไวรัสเหล่านั้นให้หมดไปจากเครื่องคอมพิวเตอร์ของเรา โดย โปรแกรมสแกนไวรัส Malwarebytes Anti-Malware ยังมีการทำงานอีกหนึ่งโหมดตามที่เราได้บอกไปข้างต้น คือโหมดการทำงานแบบ Hyper Scan ซึ่งในโหมดนี้โปรแกรมจะทำการสแกนระบบทั้งหมดให้คุณอย่างละเอียดมากๆ
ซึ่งสำหรับการสแกนแบบนี้จะกินเวลานานสักพักหนึ่ง ขึ้นอยู่กับไฟล์และข้อมูลภายในเครื่องของคุณเองด้วย โปรแกรมสแกนไวรัส แอนตี้ไวรัส เป็นโปรแกรมที่ทำงานได้รวดเร็ว ไม่กินทรัพยากรเครื่อง ทำให้คอมพิวเตอร์ของคุณปลอดภัย ปราศจากการบุกรุกจาก สปายแวร์ (Spyware) และ มัลแวร์ (Malware) ทั้งหลาย